UNIGIS América Latina ha suscrito importantes acuerdos de cooperación con prestigiosas universidades en América Latina, a través de las cuales promueve la oferta académica, motiva la formación de sus docentes e incentiva el involucramiento de la Ciencia GIS en su malla curricular.  

Las universidades  se consolidan como referentes regionales de la red UNIGIS y constituyen un punto importante de contacto para los interesados en la oferta académica de UNIGIS a nivel local.

• Argentina: Facultad de Arquitectura y Urbanismo (AU) de la Universidad de Belgrano (UB),
• Brasil: Sistema LABGIS de la Universidad Estatal de Río de Janeiro (UERJ),
• Chile: Departamento de Ingeniería Geográfica (IG) de la Universidad de Santiago de Chile (USACH),
• Colombia: Departamento de Ciencias Biológicas (CB) de la Universidad ICESI,
• Ecuador: el GEOcentro en la Universidad San Francisco de Quito (USFQ),
• Paraguay: Universidad del Pacífico (UP)
• Perú: Facultad de Ingeniería Geográfica, Ambiental y Ecoturismo (IGAE) de la Universidad Nacional Federico Villarreal (UNFV)